Prof. dr. Nynke Dekker

Nynke Dekker (1971) is hoogleraar Moleculaire Biofysica aan het Kavli Institute of Nanoscience van de Technische Universiteit Delft. Ze gebruikt natuurkundige methoden en technieken om de werking van individuele moleculen en eiwitten te bestuderen. Die zijn belangrijk voor celprocessen zoals het kopiëren en vertalen van DNA, en repareren van fouten in RNA en DNA. Hiervoor ontwerpt, ontwikkelt en gebruikt ze innovatieve nanotechnologische gereedschappen.

NynkeDekker_4690.jpg
Prof. dr. Nynke Dekker (Fotografie: Studio Oostrum/Hollandse Hoogte)

Dekker is internationaal vermaard vanwege haar vooruitstrevende onderzoek naar individuele DNA- en RNA-moleculen en hun interacties met eiwitten in bacteriën, virussen, en eukaryoten (organismen waarvan de cellen celkernen bevatten). Zo beschreef ze hoe viruseiwitten fouten inbouwen in het virale RNA, en hoe antivirale remmers deze eiwitten verstoren. Ze liet zien hoe het kopiëren van DNA in bacteriën stopgezet kan worden, maar dat het vertalen van DNA in RNA zelfs onder lastige omstandigheden doorgaat. Ook beschreef ze hoe chemotherapeutische moleculen tegen kanker veranderingen teweegbrengen in de activiteit van het eiwit topoisomerase.

De biofysica ontwikkelde tegelijkertijd een aantal innovatieve enkel-molecuultechnieken, zoals high-throughput magnetische pincetten waarmee ze gelijktijdig kan trekken en draaien aan een veeltal van individuele moleculen.

Met deze methodes kon haar groep meer data binnenhalen, en daardoor eiwitmechanismes preciezer analyseren. Ook ontwikkelde ze verschillende varianten van magnetische torsiepincetten, waarmee de kronkels en vouwingen in DNA beter bestudeerd kunnen worden.

Haar onderzoek beweegt zich op de grensvlakken tussen de natuurkunde, scheikunde en biologie. De relevantie voor de onderliggende monodisciplines blijkt niet alleen uit het type tijdschriften waarin haar werk wordt gepubliceerd – variërend van Nature, Science en Cell tot het Journal of Virology, ACS Photonics en het Journal of Chemical Physics. Ook is Dekker in alle drie de vakgebieden geëerd met prestigieuze prijzen, benoemingen en beurzen. Zo kreeg ze de Emmy Noether Award van de European Physical Society, een NWO TOP-subsidie in de chemie, en is ze lid van de European Molecular Biology Organization. Daarnaast helpt ze haar studenten en postdocs om ook persoonsgebonden financiering aan te vragen. Meerdere voormalig promovendi en postdocs hebben zo inmiddels zelf een succesvolle wetenschappelijke carrière opgebouwd.

Dekker is een veelgevraagd spreker, organisator en bestuurder. Ze was van 2006 tot 2011 lid van De Jonge Akademie en is sinds 2015 lid van de KNAW. Ze was het jongste en eerste vrouwelijke lid van het Uitvoerend Bestuur van de natuurkundestichting FOM, waar ze de integratie van biologische onderwerpen in het natuurkundedomein mogelijk heeft gemaakt. Ook heeft ze als één van de medeoprichters aan de wieg gestaan van de succesvolle Delftse afdeling Bionanoscience.

Als gevolg van haar sabbatical van 2015 tot 2016 aan het Francis Crick Institute in Londen besloot Dekker de focus van haar onderzoek te verleggen naar complexe biomoleculaire machines die het DNA in eukaryotische organismen kopiëren. Hiervoor ontving ze in 2018 een ERC Advanced Grant. De Spinozacommissie verwacht dat ze met haar onderzoek zal bijdragen aan een beter fundamenteel begrip van DNA-kopieergedrag in onze cellen en RNA-kopieergedrag in virussen, wat cruciaal is voor de ontwikkeling van nieuwe medische behandelingen.

  • Wie is Nynke Dekker?

    1971 geboren op 2 april in Amsterdam
    1993 cum laude bachelor in de natuurkunde en toegepaste wiskunde aan Yale University
    1994 cum laude doctorandus in de natuurkunde aan de Universiteit Leiden
    1996 behaalt haar mastertitel in atoomfysica aan Harvard University
    2000 promoveert aan Harvard University op het besturen van cesiumatomen op een chip
    2000 vertrekt voor een postdoc-positie in de biofysica naar het École Normale Supérieure in Parijs
    2002 begint aan de Technische Universiteit Delft waar ze achtereenvolgens universitair docent, universitair hoofddocent en hoogleraar (2008) wordt
    2005 ontvangt Vidi-financiering voor onderzoek naar de werking van motoren op RNA
    2006 wordt lid van De Jonge Akademie
    2007 ontvangt European Young Investigators Award voor onderzoek naar hoe de werking van moleculaire motortjes op DNA-strengen in de cel wordt verstoord
    2008 sabbatical aan het Department of Molecular and Cellular Biology, Uppsala, Zweden
    2010 ontvangt Vici-financiering voor studie van de molecuuldynamica in levende cellen
    2011 presenteert een nieuw soort magnetisch pincet waarmee de draaiing van individuele moleculen zoals DNA en RNA kan worden gemeten
    2013 ontvangt Emmy Noether Award van de European Physical Society
    2013 ontvangt ERC Consolidator Grant voor onderzoek naar de dynamica van genoomprocessing
    2015 sabbatical aan het Francis Crick Institute in het Verenigd Koninkrijk
    2015 verkozen als lid van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen
    2018 ontvangt NWO TOP-subsidie voor studie naar de biofysica en biochemie van DNA-replicatie
    2018 ontvangt ERC Advanced Grant voor onderzoek naar de replicatie van chromatine, een verzameling DNA en eiwitten die in de celkern te vinden is
    2019 verkozen als lid van de European Molecular Biology Organization