Het NWO-programma voor de Nationale Wetenschapsagenda kent op dit moment vier hoofdlijnen, die samen uitvoering geven aan de doelen en ambities.
Onderzoek op Routes door Consortia (ORC) stimuleert vrij onderzoek via open calls voor meerjarig onderzoek van brede, inter- en transdisciplinaire consortia met een (maatschappelijk) doel, op wetenschappelijk en/of maatschappelijk relevante onderwerpen met een duidelijke meerwaarde voor een brede, nationale aanpak. Consortia moeten gericht zijn op die circulariteit en betrokkenheid, reeds vanaf de formulering van de probleemstelling, van maatschappelijke partners (inclusief het bedrijfsleven), alsook burgers.
De Thematische Programmering omvat programma’s die zich lenen voor een brede NWA-aanpak en die in samenspraak met vakdepartementen ontwikkeld worden.
Vernieuwingen en Netwerken zorgen voor vernieuwing binnen de NWA en faciliteert consortia en NWA-routes.
Wetenschapscommunicatie en Outreach is verantwoordelijk voor de NWA-belofte om wetenschap en samenleving door middel van communicatie en outreach dichter bij elkaar te brengen en het vertrouwen in de wetenschap te vergroten.