De raad van bestuur stelt als algemeen budgethouder de begroting van NWO vast. Met daarin afzonderlijke budgetten voor de vier domeinen, NWO-I, de regieorganen, de afdeling bedrijfsvoering en het bureau van de raad van bestuur. In de Bevoegdhedenregeling van NWO staat wie binnen de organisatie welke financiële verplichtingen aan mag gaan.