Nieuwe techniek om cellen te sorteren

30 maart 2014

Onderzoekers van onder andere het Utrechtse Hubrecht Instituut hebben een nieuwe methode ontwikkeld waarmee ze cellen kunnen sorteren op basis van de hoeveelheid RNA transcripten die de cel heeft gemaakt. De onderzoekers beschrijven deze techniek in het tijdschrift Nature Methods.

Een vraagstuk binnen de biologie is hoe je binnen een celweefsel of celtype subpopulaties kunt identificeren en isoleren. Hiervoor is het noodzakelijk markers te identificeren: moleculaire vlaggetjes die een specifiek celtype markeren. Deze markers kunnen vervolgens met behulp van fluorescente eiwitten of genetische manipulatie zichtbaar worden gemaakt. Zo kunnen de gemarkeerde cellen gescheiden worden van de cellen zonder marker. Normaal gesproken zijn deze markers bepaalde eiwitten die op de cellen aanwezig zijn. Er kleven meerdere nadelen aan het gebruik van eiwitten als marker. Er zijn maar weinig fluorescente eiwitten die deze markers herkennen. Eiwitten fluorescent maken door middel van genetische manipulatie is een langdurig proces en bovendien onmogelijk wanneer er bijvoorbeeld met humaan weefsel wordt gewerkt.

RNA als marker

De nieuwe techniek, met behulp van flow cytometrie, gebruikt in plaats van eiwitten RNA om cellen van elkaar te onderscheiden. RNA als marker heeft als voordeel dat vrijwel alle verschillende marker-RNA moleculen fluorescent kunnen worden gemaakt. De techniek kan worden gebruikt zonder genetische manipulatie, en daarmee bijvoorbeeld op menselijk materiaal. Met deze techniek kunnen onderzoekers ook kijken naar het gehele RNA-profiel van de cel, dus niet alleen naar het als marker gebruikte RNA. Dat geeft inzicht in de genen en processen die belangrijk zijn voor het bepalen van een bepaalde subpopulatie cellen. Onderzoekers kunnen zo beter begrijpen waarom een cel zich gedraagt zoals die zich gedraagt.

 

Prof.dr. Alexander van Oudenaarden en zijn aio Kay Wiebrands verrichtten het onderzoek met behulp van een Vici toekenning en dr. Stefan Semrau deed zijn onderzoek vanuit het Amerikaanse Massachusetts Institute of Technology MIT, waar hij met een Rubicon toekenning werkt.

Bron: NWO