Projectdetails

Een nieuwe, additionele zienswijze op een aantal levensprocessen kan verkregen worden door deze te beschouwen als berekeningen. Deze -natuurlijke berekeningen- hebben twee kanten: ze verschaffen inzicht in de biologie maar kunnen ook gebruikt worden als inspiratie voor berekeningen op computers.Het projectvoorstel kijkt hoe deze nieuwe zienswijze geintegreerd kan worden met moderne methoden uit de dynamische systemen, kansrekening en statistiek en kijkt nader naar de biologische aspecten.

Artikelen

• Dr. R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom, Prof. dr. G. Rozenberg (2005). The Breakpoint Graph in Ciliates. Lecture Notes in Bioinformatics. pp. 128-139. ISSN 0302-9743.
• Dr. R. Brijder, Dr. M. Muskulus (2005). First Steps towards a Geometry of Computation. Proceedings of the Third Brainstorming Week on Membrane Computing. pp. 197-218
• Dr. M. Muskulus (2005). An Observation on the Sevilla Complexity. Proceedings of the ESF Exploratory Workshop on Cellular Computing (Complexity Aspects). pp. 257-266
• M. Gheorghe, S. Verlan, M. Margenstern, Dr. F. Bernardini (2006). Computational Completeness of Tissue P Systems with Conditional Uniport. Lecture Notes in Computer Science. pp. 530-544
• Dr. R. Brijder, Dr. M. Muskulus (2006). Complexity of bio-computation: symbolic dynamics in membrane systems. International Journal of Foundations of Computer Science. pp. 147-165
• Dr. R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom, Dr. M. Muskulus (2006). Applicability of Loop Recombination in Ciliates using the Breakpoint Graph. Lecture Notes in Bioinformatics (CompLife 2006). pp. 97-106
• Dr. F. Bernardini, Dr. R.W. Freund (2006). Tissue P Systems with Communication Modes. Lecture Notes in Computer Science. pp. 174-186
• M. Cavaliere, Dr. R. Brijder, Prof. dr. G. Rozenberg (2006). Membrane systems with external control. Lecture Notes in Computer Science. pp. 219-237
• F.J. Romero-Campero, Dr. F. Bernardini (2006). A Modeling Approach Based on P Systems with Bounded Parallelism. Lecture Notes in Computer Science. pp. 49-65
• Dr. R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom, Prof. dr. G. Rozenberg (2006). Reducibility of Gene Patterns in Ciliates using the Breakpoint Graph. Theoretical Computer Science. pp. 26-45
• Dr. F. Bernardini, M. Gheorghe, N. Krasnogor (2007). Quorum sensing P systems. Theoretical Computer Science. pp. 20-33
• Dr. F. Bernardini, Dr. R. Brijder, Prof. dr. G. Rozenberg, C. Zandron (2007). Multiset-Based Self-Assembly of Graphs. Fundamenta Informaticae. pp. 49-75
• Dr. F. Bernardini, M. Gheorghe (2007). Producer/Consumer in Membrane Systems and Petri Nets.. In: Computation and Logic in the Real World, Third Conference on Computability in Europe, CiE 2007. Lecture Notes in Computer Science. pp. 
• Dr. F. Bernardini, M. Gheorghe, F.J. Romero-Campero (2007). A Hybrid Approach to Modelling Biological Systems.. In: Proceedings 8th Workshop on Membrane Computing, WMC8. pp. 
• D. Besozzi, Dr. R. Brijder, P. Cazzaniga, S. Houweling MSc, Dr. M. Muskulus, D. Pescini, Prof. dr. G. Rozenberg (2007). Cycles and Communicating Classes in Membrane Systems and Molecular Dynamics.. Theoretical Computer Science. pp. 242-266
• Y. Gao, Dr. H.J. Hoogeboom (2007). P Systems with Single Passenger Carriers. International Journal of Foundations of Computer Science. pp. 1227-1235
• dr. I. Petre, M. Langille, Dr. R. Brijder (2007). A String-Based Model for Simple Gene Assembly. In: Proceedings FCT 2007 Fundamentals of Computation Theory, 16th International Symposium, FCT 2007. Lecture Notes in Computer Science. pp. 161-172
• G. Rozenberg, R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom (2007). From Micro to Macro: How the Overlap Graph Determines the Reduction Graph in Ciliates.. In: Fundamentals of Computation Theory, 16th International Symposium, FCT 2007. Lecture Notes in Computer Science. pp. 149-160
• R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom (2007). Using Sorting by Reversal: Breakpoint Graph for Gene Assembly in Ciliates. In: CompLife 2007: The Third International Symposium on Computational Life Sciences. AIP Conference Proceedings. pp. 50-59
• R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom (2007). Characterizing Reduction Graphs for Gene Assembly in Ciliates. 11th International Conference on Developments in Language Theory, DLT 2007. Lecture Notes in Computer Science. pp. 120-131
• R. Brijder, M. Muskulus, Dr. H.J. Hoogeboom (2008). Strategies of Loop Recombination in Ciliates.. Discrete Applied Mathematics. pp. 1736-1753-
• R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom (2008). Extending the Overlap Graph for Gene Assembly in Ciliates. In: Language and Automata Theory and Applications, 2nd International Conference, LATA 2008 (C. Martín-Vide, F. Otto, H. Fernau, eds.),. Lecture Notes in Computer Science. pp. 137-148-
• R. Brijder, Dr. H.J. Hoogeboom (2008). The Fibers and Range of Reduction Graphs in Ciliates. Acta Informatica. pp. 383-402-
• A. Riscos-Núñez, G. Rozenberg, M. Cavaliere, D. Sburlan, Dr. H.J. Hoogeboom (2008). Membrane Systems with Proteins Embedded in Membranes.. Theoretical Computer Science. pp. 26-39-

Proefschriften

• Dr. R. Brijder (2008). Models of natural computation: gene assembly and membrane system. Universiteit Leiden. promotiedatum 3-12-2008. ISBN 978-90-9023428-1.
• Dr. H.J. Hoogeboom (2008). Models of Natural Computation. Gene Assembly and Membrane Systems. Universiteit Leiden. promotiedatum 3-12-2008
• Dr. M. Muskulus (2010). Distance-based analysis of dynamical systems and time series by optimal transport. Universiteit Leiden. promotiedatum 11-2-2010. ISBN 978-90-5335-254-0.

Bijdragen aan boeken

• D. Besozzi, Dr. R. Brijder, S. Houweling MSc, Dr. M. Muskulus, Prof. dr. G. Rozenberg, C. Graciani Diaz (2006). Reaction Cycles in Membrane Systems and Molecular Dynamics. in: Proceedings of the Fourth Brainstorming Week on Membrane Computing, Volume II. Sevilla: . pp. 185-208