Promotie: Wiskundemodel ontleedt parasiet

24 januari 2009

Rasa Jurgelenaite, promovenda bij kunstmatige intelligentie, ontwikkelde een wiskundig model om meer zicht te krijgen op de malariaparasiet. Ze promoveerde op 19 januari 2009.

De analysetechnieken van informatici kunnen best worden toegepast op biologische data, zegt hoogleraar Kunstmatige intelligentie Tom Heskes. “We hopen in elk geval dat onze technieken meerwaarde hebben voor de analyse van biologische processen.”

Het proefschrift van Rasa Jurgelenaite bewijst dat het zinvol is. De van oorsprong Litouwse promovenda ontwikkelde een wiskundig model om uit te vissen welke genen doorslaggevend zijn in de levenscyclus van de malariaparasiet.

Jurgelenaite maakte gebruik van de vele data die momenteel beschikbaar zijn over genexpressie in organismen. Alle organismen hebben transcriptiegenen, belast met het overschrijven (de transcriptie) van de genetische informatie. Het zijn de actieve genen van het organisme, bepalend voor de levenscyclus. Bij de malariaparasiet is nog maar weinig bekend over de transcriptiefactoren. Vermoedelijk zijn ze uniek voor de parasiet en daarom van belang voor de ontwikkeling van malariamedicijnen.

Omdat de malariaparasiet ruim 5400 genen heeft, is het onbegonnen werk ze een voor een uit te schakelen om zo de transcriptiefactoren op te sporen. Een wiskundig model kan de biologen en genetici een hoop werk schelen, redeneerde Jurgelenaite. In haar model stopte ze informatie over de stukjes DNA die een belangrijke rol lijken te spelen in de levenscyclus van de parasiet. Ze combineerde die met heel veel data over het transcriptieproces in zo’n twintig andere organismen, zoals de fruitvlieg, de muis en gist. Want globaal werkt transcriptie in alle organismen ongeveer hetzelfde.

De combinatie van het wiskundige model en de data over transcriptie in andere organismen leverde een lijst op van tien mogelijke transcriptiefactoren van malariaparasieten. De biologen en genetici zijn aan zet.

Bron: Vox